Mengacu pada tugas, fungsi, dan wewenang yang telah dimandatkan dalam peraturan perundang-undangan kepada KKP dan untuk melaksanakan misi Presiden dan Wakil Presiden dalam RPJMN tahun 2020–2024, KKP terutama melaksanakan 4 (empat) dari 9 (sembilan) misi Presiden dan Wakil Presiden dengan uraian sebagai berikut:

1. “Peningkatan Kualitas Manusia Indonesia” melalui “Peningkatan Daya Saing Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan dan Pengembangan Inovasi Kelautan dan Perikanan”;

2. “Struktur Ekonomi yang Produktif, Mandiri, dan Berdaya Saing” melalui “Peningkatan Kontribusi Ekonomi Sektor Kelautan dan Perikanan terhadap Perekonomian Nasional”; 

3. “Mencapai Lingkungan Hidup yang Berkelanjutan” melalui “Peningkatan Kelestarian Sumber Daya Kelautan dan Perikanan”; dan

4. “Pengelolaan Pemerintahan yang Bersih, Efektif, dan Terpercaya” melalui “Peningkatan Tata Kelola Pemerintahan di Kementerian Kelautan dan Perikanan”. 

Menjabarkan misi pembangunan kelautan dan perikanan, maka tujuan pembangunan kelautan dan perikanan adalah :

1. Peningkatan Daya Saing, pengembangan Inovasi dan Riset KP, yakni :
    a. Kapasitas dan Kompetensi SDM KP meningkat
    b. Inovasi dan Riset KP menguat

2. Peningkatan Kontribusi Sektor KP terhadap Perekonomian Nasional, yakni :
    a. Pengelolaan Sumberdaya perikanan budidaya dan tangkap optimal.
    b. Mutu, daya saing dan sistem logistik hasil KP menguat.
    c. Pengawasan pengelolaan SDKP.

    d. Sistem perkarantinaan ikan, pengendalian mutu, keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan meningkat.

    e. Pengelolaan ruang laut optimal.

3. Peningkatan Kelestarian Sumber Daya KP, yakni :
    Konservasi dan keanekaragaman hayati optimal.

4. Peningkatan Tata Kelola Pemerintahan di KKP, Yakni :

    Kinerja Reformasi Birokrasi KKP meningkat.