Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 5 Tahun 2024 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kelautan dan Perikanan, Direktorat Jenderal Perikanan Budi Daya mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang pengelolaan perikanan budi daya.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Direktorat Jenderal Perikanan Budi Daya menyelenggarakan fungsi:

a. perumusan kebijakan di bidang standardisasi perikanan budi daya, pemanfaatan dan pengelolaan kawasan pembudidayaan ikan, pengelolaan prasarana dan sarana pembudidayaan ikan, pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah, pengelolaan kesehatan ikan budi daya dan lingkungan pembudidayaan ikan, dan pengelolaan usaha perikanan budi daya, serta perlindungan dan pemberdayaan pembudi daya ikan;

b. pelaksanaan kebijakan di bidang standardisasi perikanan budi daya, pemanfaatan dan pengelolaan kawasan pembudidayaan ikan, pengelolaan prasarana dan sarana pembudidayaan ikan, pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah, pengelolaan kesehatan ikan budi daya dan lingkungan pembudidayaan ikan, dan pengelolaan usaha perikanan budi daya, serta perlindungan dan pemberdayaan pembudi daya ikan;

c. penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang standardisasi perikanan budi daya, pemanfaatan dan pengelolaan kawasan pembudidayaan ikan, pengelolaan prasarana dan sarana pembudidayaan ikan, pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah, pengelolaan kesehatan ikan budi daya dan lingkungan pembudidayaan ikan, dan pengelolaan usaha perikanan budi daya, serta perlindungan dan pemberdayaan pembudi daya ikan;

d. pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang standardisasi perikanan budi daya, pemanfaatan dan pengelolaan kawasan pembudidayaan ikan, pengelolaan prasarana dan sarana pembudidayaan ikan, pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah, pengelolaan kesehatan ikan budi daya dan lingkungan pembudidayaan ikan, dan pengelolaan usaha perikanan budi daya, serta perlindungan dan pemberdayaan pembudi daya ikan; 

e. pelaksanaan evaluasi dan pelaporan di bidang standardisasi perikanan budi daya, pemanfaatan dan pengelolaan kawasan pembudidayaan ikan, pengelolaan prasarana dan sarana pembudidayaan ikan, pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah, pengelolaan kesehatan ikan budi daya dan lingkungan pembudidayaan ikan, dan pengelolaan usaha perikanan budi daya, serta perlindungan dan pemberdayaan pembudi daya ikan;

f. pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal Perikanan Budi Daya; dan

g. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.