Sekretariat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Kelautan dan Perikanan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 8, Sekretariat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

1. koordinasi kegiatan Kementerian Kelautan dan Perikanan;
2. koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran Kementerian Kelautan dan Perikanan;
3. pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi Kementerian Kelautan dan Perikanan;
4. pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
5. koordinasi dan penyusunan peraturan perundangundangan serta pelaksanaan advokasi hukum;
6. penyelenggaraan pengelolaan barang milik/kekayaan negara dan pengelolaan pengadaan barang/jasa; dan
7. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.