Untuk mewujudkan Visinya, Direktorat Jenderal Pengelolaan Ruang Laut memiliki MISI sebagai berikut :

1. peningkatan Kontribusi Ekonomi Sub Sektor Kelautan, Pesisir dan Pulau – Pulau Kecil;
2. peningkatan Kelestarian Sumber Daya Kelautan, Pesisir dan Pulau – Pulau Kecil;
3. peningkatan Tata Kelola Pemerintahan di lingkungan Ditjen PRL.

Menjabarkan misi di atas, Ditjen PRL merumuskan tujuan pengelolaan  ruang laut 2020-2024 sebagai berikut:

1.    Misi peningkatan Kontribusi Ekonomi Subsektor Kelautan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil dengan tujuan:

meningkatnya tata kelola ruang laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan Lokasi kawasan laut dan wilayah pesisir yang memiliki rencana zonasi yang akan ditetapkan menjadi peraturan perundang-undangan, dari 14 (empat belas) kawasan pada tahun 2020 menjadi 102 (serratus dua) kawasan pada tahun 2024;

meningkatnya penataan dan pemanfaatkan jasa-jasa kelautan.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan Nilai Tukar Petambak Garam, dari 102,75 pada tahun 2020 menjadi 103,75 pada tahun 2024. Produksi Garam Nasional, dari 3 juta ton pada tahun 2020 menjadi 3,4 juta ton pada tahun 2024. Ragam jasa kelautan yang dikelola untuk pengembangan ekonomi, sebanyak 4 (empat) ragam setiap tahun dari tahun 2020 sampai dengan tahun 2024. Serta Kawasan yang dibangun sarana prasarana wisata bahari dan BMKT, dari 12 (dua belas) kawasan pada tahun 2020 menjadi 20 (dua puluh) kawasan pada tahun 2024;

meningkatnya pengendalian pemanfaatan ruang laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan perizinan lokasi di wilayah perairan pesisir dan laut, dari 10 (sepuluh) lokasi pada tahun 2020 menjadi 18 (delapan belas) lokasi pada tahun 2024; dan

meningkatnya dayaguna wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan pesisir dan pulau-pulau kecil/terluar yang terbangun sarana prasarana dan/ atau dimanfaatkan, 15 (lima belas) kawasan pada tahun 2020 dan 22 (dua puluh dua) kawasan per tahunnya sampai dengan tahun 2024. Komunitas masyarakat hukum adat, masyarakat tradisional, dan masyarakat lokal di pesisir dan pulau-pulau kecil yang terfasilitasi dalam rangka penguatan dan perlindungannya, dari 5 (lima) komunitas pada tahun 2020 menjadi 30 (tiga puluh) komunitas pada tahun 2024.

2.    Misi peningkatan Kelestarian Sumber Daya Kelautan, Pesisir dan Pulau­ Pulau Kecil dengan tujuan:

meningkatnya pengelolaan kawasan konservasi dan keanekaragaman hayati perairan.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan Luas kawasan konservasi, dari 23,4 juta Hektare pada tahun 2020 menjadi 26,9 juta Hektare pada tahun 2024. Kawasan konservasi yang dikelola secara berkelanjutan, dari 10 juta Hektare pada tahun 2020 menjadi 20 juta Hektare pada tahun 2024. Serta keanekaragaman hayati perairan yang dilindungi, dilestarikan, dan/ atau dimanfaatkan, dari 6 (enam) jenis pada tahun 2020 menjadi 20 (dua puluh) jenis pada tahun 2024;

meningkatnya pencegahan dan pemulihan kerusakan pesisir dan pulau-pulau kecil.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan Kawasan pesisir dan pulau­ pulau kecil rusak yang pulih kembali, sebanyak 20 (dua puluh) kawasan tahun 2020 menjadi 26 (dua puluh enam) kawasan hingga  tahun 2024.

3.    Misi peningkatan Tata Kelola Pemerintahan di lingkungan Ditjen PRL dengan tujuan meningkatnya Kinerja Reformasi Birokrasi Ditjen PRL.

Tujuan ini dicapai dengan peningkatan Nilai PMPRB DJPRL, dari 30 (tiga puluh) pada tahun 2020 menjadi 34 (tiga puluh empat) pada tahun 2024.