DJPT melaksanakan 4 (empat) dari 9 (sembilan) misi Presiden dan Wakil Presiden dengan uraian sebagai berikut:

1. peningkatan kualitas manusia Indonesia, melalui peningkatan kualitas SDM masyarakat perikanan tangkap;
2. struktur ekonomi yang produktif, mandiri, dan berdaya saing, melalui peningkatan kontribusi ekonomi subsektor perikanan tangkap;
3. mencapai lingkungan hidup yang berkelanjutan, melalui peningkatan keberlanjutan sumber daya perikanan tangkap; dan
4. pengelolaan pemerintahan yang bersih, efektif, dan terpercaya, melalui peningkatan tata kelola pemerintahan di lingkup DJPT.

Menjabarkan misi DJPT, maka tujuan pembangunan perikanan tangkap adalah:

1. Peningkatan kualitas SDM masyarakat perikanan tangkap, yaitu meningkatnya kapasitas dan kompetensi SDM perikanan tangkap, termasuk memberdayakan nelayan;
2. Peningkatan kontribusi ekonomi subsektor perikanan tangkap, yaitu:

           1. Optimalnya integrasi pengembangan infrastruktur dan operasionalisasi pelabuhan perikanan;

           2. Mengembangkan armada perikanan tangkap nasional yang kompetitif dan produktif; dan

           3. Mengakselerasi reformasi tata kelola perizinan usaha perikanan tangkap;

      c. peningkatan keberlanjutan sumber daya perikanan tangkap, yaitu optimalnya pemanfaatan dan pengelolaan sumber daya

          ikan berbasis WPPNRI; dan

      d. peningkatan tata kelola pemerintahan di lingkup DJPT, yaitu meningkatnya kinerja reformasi birokrasi DJPT secara berkualitas.