Misi Kementerian Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Sesuai Visi-Misi Presiden dan Wakil Presiden yaitu:

1. Peningkatan Kualitas Manusia, melalui peningkatan Daya Saing SDM KP  dan Pengembangan Inovasi dan Riset Kelautan dan Perikanan.
2. Struktur Ekonomi yang Produktif, Mandiri, dan Berdaya Saing, melalui peningkatan Kontribusi Ekonomi Sektor Kelautan dan Perikanan terhadap Perekonomian Nasional.
3. Mencapai Lingkungan Hidup yang Berkelanjutan, melaluli Peningkatan Kelestarian Sumber Daya Kelautan dan Perikanan.
4. Pengelolaan Pemerintahan yang Bersih, Efektif, dan Terpercaya, melalui Penigkatan Tata Kelola Pemerintahan di KKP.

Menjabarkan misi pembangunan kelautan dan perikanan, maka tujuan pembangunan kelautan dan perikanan adalah :

1. Peningkatan Daya Saing, pengembangan Inovasi dan Riset KP, yakni :
    a. Kapasitas dan Kompetensi SDM KP meningkat
    b. Inovasi dan Riset KP menguat

2. Peningkatan Kontribusi Sektor KP terhadap Perekonomian Nasional, yakni :
    a. Pengelolaan Sumberdaya perikanan budidaya dan tangkap optimal.
    b. Mutu, daya saing dan sistem logistik hasil KP menguat.
    c. Pengawasan pengelolaan SDKP.

    d. Sistem perkarantinaan ikan, pengendalian mutu, keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan meningkat.

    e. Pengelolaan ruang laut optimal.

3. Peningkatan Kelestarian Sumber Daya KP, yakni :
    Konservasi dan keanekaragaman hayati optimal.

4. Peningkatan Tata Kelola Pemerintahan di KKP, Yakni :

    Kinerja Reformasi Birokrasi KKP meningkat.